Годы Великой Отечественной войны стали для РПЦ, прошедшей через гонения, запрещение и террор первых двух десятилетий советской власти, периодом возрождения и укрепления. С самого начала войны, несмотря на противоречия с государством, верная русским патриотическим традициям, Церковь приняла активное участие в борьбе с фашистскими агрессорами. В первый же день войны Патриарший местоблюститель, митрополит Московский и Коломенский Сергий обратился к верующим с благословлением «всех православных на защиту священных границ Родины» (Сталин обратился к народу на двенадцатый день войны).
Реальная действительность начала войны поставила перед государством необходимость пересмотра религиозной политики во имя единения нации без разделения её на верующих и атеистов. Была прекращена антирелигиозная пропаганда, расширена издательская деятельность церкви, не чинились препятствия массовым богослужениям, стали открываться, хотя и без юридического оформления, церкви.
Перемены коснулись и Ярославской области. Так за период 1941 – 1942 годов в области было открыто 57 церквей, из них в 1941 году – четыре. Открытие церквей проводилось по ходатайству верующих, а также в связи с возвращением в церкви священнослужителей (с осени 1941 года началось активное освобождение священнослужителей из мест заключения). Имели место случаи, когда открытие церквей проводилось при содействии руководителей государства. Так М. И. Калинин дал разрешение на открытие церкви в Сусанинском районе, указав Ярославскому облисполкому (этот костромской район тогда входил в наш регион) на неправильность отклонения ходатайства жителей района, подчеркнув, что не следует «возбуждать недовольство верующих, теперь, когда требуется единство всего народа для победы над фашизмом». В феврале 1944 года в Ярославской области было открыто уже 90 церквей.
Патриотическая деятельность религиозных организаций выражалась не только в обращениях, посланиях и церковных проповедях, но и в сборе добровольных пожертвований на нужды фронта и тыла. Общая сумма церковных взносов за годы войны составила 200 млн. рублей. На церковные средства были созданы танковая колонна «Дмитрий Донской», боевая эскадрилья самолётов имени Александра Невского.
Церковнослужители находились в рядах действующей армии и участвовали в партизанском движении, строили оборонительные укрепления, шефствовали над госпиталями. Русская православная церковь выступила с осуждением части духовенства, сотрудничавшего с захватчиками на оккупированных территориях Белоруссии и Украины.
Перед Тегеранской конференцией 4 сентября 1943 годаИ. В. Сталин встретился с ведущими лидерами православия. На встрече были решены вопросы о проведении архиерейского собора для избрания патриарха, открытии церквей и духовных учебных заведений, возобновлении издания «Журнала Московской патриархии». 8 сентября 1943 года в Москве открылся Архиерейский собор, который избрал митрополита Сергия патриархом Московским и всея Руси, принял обращение к христианам всего мира с призывом к объединению для окончательной победы над фашизмом.
В Центре документации новейшей истории сохранился уникальный документ, в котором систематизированы отклики ярославцев на созыв Архиерейского собора и избрание патриарха. Основное отношение населения – одобрительное. Наивно-откровенный ответ колхозницы деревни Козульки Ярославского района Киселёвой (инициалы не указаны) подводит черту длительному и тяжёлому периоду для всех верующих: «Вот до какой радости дожили, что можно свободно молиться за Главнокомандующего Красной Армии и всех воинов. Теперь уж в этом никто препятствовать не будет, так как сам Главнокомандующий это разрешил».
Галина КАЗАРИНОВА