На епископской кафедре в Ярославле он сменил святителя Тихона, будущего Патриарха Московского и Всея Руси. А время служения его в Ярославле совпало с тяжелейшими годами в жизни России: первая мировая война, революция, гражданская война.
Новая власть повела ожесточенную борьбу с православием. В центре ее оказался и владыка Агафангел.
Старый больной человек, он прошел по первым адресам ГУЛАГа, выдержал еще и слежку, очернительство, коварство ГПУ. Ничто не сломило его.
В 2000 году Священный Патриарх Алексий и Священный Синод утвердили решение Синодальной Комиссии о канонизации святителя Агафангела в лике святых новомучеников и исповедников, в земле Российской просиявших.
Вместе с ним прославлены еще около семидесяти наших земляков. Всех их также чествуют сегодня в храмах епархии. А в Казанском монастыре, где покоятся мощи святителя Агафангела, состоится архиерейская служба.