Беспризорен давно и сам монастырь. В тридцатые годы прошлого столетия его закрыли, насельниц разогнали, а здания, построенные руками самих монахов (ранее много веков со дня своего основания обитель была мужской), приспособили под житейские нужды района. Здесь размещались лечебница для душевнобольных, интернат, в храме святителя Николая устроили совхозную конюшню. А с девяностых годов этот уголок Ярославской земли вообще был забыт людьми. Навещали его лишь несколько прихожан храма «Нечаянная радость» из Ярославля во главе с его настоятелем отцом Михаилом Смирновым. Мечтой батюшки было возродить эту древнюю обитель, основание которой историки относят к шестнадцатому веку.
Здесь, в глухом лесу, у целебного источника, была явлена местным крестьянам икона Божией Матери «Исаковская», положившая начало монастырю. С этой иконой совершался крестный ход до Пречистого, на поклон ей приезжали именитые гости, в числе которых, по местным преданиям, был и Иоанн Грозный. Нынешняя судьба иконы неизвестна, ее конфисковали со всеми другими ценностями монастыря, когда его закрывали.
В мае нынешнего года в Исаковой пустыни побывал архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл, долетев туда с отцом Михаилом на вертолете. И вот теперь сделан главный шаг к возрождению монастыря.