Икона Нерукотворного Спаса была одной из святынь Ярославля. В XVII веке она явила собой силу соборной молитвы. Долгое время образ находился в часовне в Пробоинском переулке. Именно здесь в 1612 году молились у него об избавлении от моровой язвы горожане и ополченцы формировавшегося тогда в Ярославле народного войска Минина и Пожарского. И эпидемия, которая буквально косила народ, чудесным образом отступила.
В 1616 году на месте часовни был построен храм в честь святителей Кирилла и Афанасия, архиепископов Александрийских, а затем здесь возник монастырь.
Кирилло-Афанасьевский монастырь всегда почитался народом, который тянулся сюда к любимому своему Нерукотворному Спасу.
Обитель значительно пострадала в ходе военных действий в Ярославле в июле 1918 года. Часть построек была разрушена. А в 1925 году советская власть закрыла монастырь. Древняя икона Спаса Нерукотворного бесследно исчезла. И вот теперь сделанная с неё в своё время копия возвращается сюда.
В 2005 году Кирилло-Афанасьевский монастырь, вернее то, что от него осталось, был возвращён Ярославской епархии Русской православной церкви. К прошлому году силами преподавателей и студентов Ярославской духовной семинарии здесь частично восстановлен один из храмов, где уже проходят регулярные службы. А в канун нового 2011 года в монастыре вновь появился настоятель. Священным Синодом Русской православной церкви в этой должности утверждён игумен Феодор (Казанов).