Храм этот – один из старейших в Ярославле. Он был построен в конце XVII века на средства купца гостиной сотни Алексея Зубчанинова. Расписан артелью ярославских мастеров во главе с Дмитрием Плехановым и Фёдором Игнатовым. Эти росписи неплохо сохранились до наших дней. Как, собственно, и сам храм. Хотя, как отмечают историки, он был сильно повреждён в 1918 году в ходе ярославского мятежа. Однако позже отремонтирован и в 1926 году передан Ярославскому губернскому музею. Это и помогло сохранить его в годы безбожного лихолетья.
В 70 – 80-е годы прошлого столетия храм Богоявления стал своеобразной визитной карточкой Ярославля и привлекал к себе внимание советских и зарубежных туристов. В 2000 году в одном из трёх его приделов, освящённом в честь Димитрия Прилуцкого, вологодского чудотворца, возобновилась молитвенная жизнь.