Основные направления его деятельности: профилактика терроризма, борьба с ним, минимизация и ликвидация его последствий. Это целостная система, основными элементами которой на федеральном уровне являются НАК и Федеральный оперативный штаб, а в субъектах Российской Федерации – антитеррористические комиссии и оперативные штабы.
Для управления контртеррористическими операциями на территории Ярославской области, а также организации планирования применения сил и средств территориальных подразделений федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти региона по борьбе с терроризмом образован оперативный штаб (ОШ) под руководством начальника Управления ФСБ России по Ярославской области. В состав оперативного штаба входят руководители правоохранительных органов, силовых структур, администрации области и мэрии Ярославля.
В 2006 – 2008 годах оперативный штаб в Ярославской области осуществлял сбор, анализ и оценку информации о состоянии оперативной обстановки; своевременное реагирование на возможные террористические и иные экстремистские угрозы; обеспечение надлежащего уровня антитеррористической защищенности критически важных и потенциально опасных объектов. На 16 заседаниях ОШ приняты решения по многим вопросам профилактики терроризма в Ярославской области.
Одним из наиболее значимых направлений деятельности оперативного штаба в Ярославской области стало проведение командно-штабных и тактико-специальных учений, на которых отрабатывались практические навыки управления контртеррористическими операциями. Так, в ходе отработки одного из сценариев учения на Угличской ГЭС ОАО «Каскад Верхневолжских ГЭС» и шлюзе ФГУП «Канал имени Москвы» отрабатывались вопросы обезвреживания нарушителей, проникших в закрытую зону ГЭС и шлюза, а также действий военизированной охраны при обнаружении предметов, внешне сходных с самодельными взрывными устройствами, и при несанкционированной остановке автотранспорта на плотине ГЭС.
В связи с прошедшими выборами в Государственную Думу РФ и Президента РФ были проведены комплексные проверки состояния безопасности критически важных и потенциально опасных объектов, объектов жизнеобеспечения, мест массового пребывания, мест предстоящего голосования, а также защищенности комплексов ГАС «Выборы». Всего проверено около 2 тысяч объектов, из них 946 территориальных и участковых избирательных комиссий. По результатам проверок руководители объектов получили 408 предписаний, к административной ответственности привлечено 243 должностных и 27 юридических лиц.
Основная задача ОШ – не допустить совершения диверсионно-террористических актов в регионе. Поэтому и впредь основное внимание будет уделяться вопросам профилактики, а также проведению мероприятий по дальнейшему совершенствованию государственной системы противодействия терроризму.