Решением Священного синода Русской православной церкви, заседание которого состоялось в Киеве, в Свято-Успенской Киево-Печерской лавре, архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл назначен новым ректором Ярославской духовной семинарии. Игумен Исидор (Тупикин), занимавший эту должность ранее, освобождён от неё и направлен в распоряжение Патриарха Московского и всея Руси Кирилла.
Духовная семинария - старейшее учебное заведение в области. Как и по всей России, именно Церковь положила начало системе образования в Ярославском крае. У истоков его стоял святитель Димитрий Ростовский. Ещё в начале ХVIII века он устроил при Архиерейском доме духовную школу для детей разных сословий. Дело его продолжил архиепископ Арсений (Мациевич), при котором и открылось в епархии учебное заведение для подготовки священников и клира. Их здесь воспитано немало, а 29 выпускников семинарии стяжали святость и были канонизированы Русской православной церковью. Все они новомученики, проявившие в годы гонений на Церковь в ХХ веке твердое стояние в вере.
В 1918 году семинария была закрыта. А в 2007-м она возобновила свою деятельность в прежнем статусе. До этого в епархии действовало духовное училище, созданное в 1994 году.
Ярославская духовная семинария готовит священников и церковнослужителей для приходов Ярославской епархии.