На первый взгляд, судьба отца Иоанна ничем не отличалась от судеб других ярославских иереев. Родился в семье священнослужителя, окончил семинарию, женился на девушке из духовного сословия и получил приход. Супруга батюшки - Мария Михайловна - умерла в возрасте 29 лет, оставив мужу дочь и двоих сыновей. О ней он всегда скорбел и в письмах напоминал детям: «...она скончалась, и хотя мертва телом, но дух её живёт».
В 1860 году Иван Григорьевич познакомился с Некрасовым. Вместе они организовали в Аббакумцеве школу, которая просуществовала года три-четыре в частных домах. А в 1870 - 1871 годах выстроили специальное здание для земского училища. Николай Алексеевич принял на себя звание попечителя школы, а Зыков и его дочь Александра учительствовали в ней. Однако школ для сельского населения не хватало, и в 1880-х годах стали появляться церковно-приходские училища, которые, по словам священника, были в народе особенно популярны за счёт религиозно-нравственного пения, преподаваемого в них. Иван Зыков принял на себя труд в их организации. В письмах к сыну Михаилу жаловался на тяжёлую ношу, которую взвалил на себя, грозился уволиться...
«Я, знаешь, - сообщал батюшка сыну Михаилу, - теперешнее время и прежде проводил в езде по церквам, а ныне поездки ещё увеличились так, что две недели ежедневно был в дорогах, доезжая домой до ночи и служб церковных. Главную заботу составляют школы, коих по милости Совета мне ещё прибавилось в Даниловском уезде, и эта неожиданность произошла вследствие моего прошения об увольнении вовсе от Наблюдательства». Но тут же признавался, что коли взялся за дело, то манкировать своими обязанностями нельзя - надо доводить его до конца.
Искренняя вера в Бога у отца Иоанна уживалась с интересом к познаниям и открытиям в области науки. Когда сын Михаил собрался посетить Иерусалим, одобрил его замысел и пожелал, чтобы поездка была предпринята «с целью научной». В то же время попросил привезти «каких-либо диковинок, даже безделушек для памяти», а также деревянный крест, который должен был пролежать «во время литургии при гробе Господнем».
К крестьянским детям был ласков, любил пошутить. С улыбкой позднее вспоминали они, как отец Иоанн играл с ними в чижа и даже водил «мараки»: проигравший должен был скакать на одной ноге на значительное расстояние. Особую радость священнику доставляли приезды дочери и внучат. Один из них - Володя - вспоминал: «Я любил слушать, как дедушка беседовал с мамой. По своей душевной доброте и приветливости он сразу стал таким же родным, как и она. Забегая вперёд, скажу, что взрослым я вспоминал: как много общего было у них привлекательного, какого-то доброжелательного, светлого отношения к жизни, к людям. Мы, взрослые ребята, даже посмеивались над матерью, говоря ей, что она смотрит на мир через розовые очки. А она отвечала, что лучше через розовые, чем через чёрные».
Судьба распорядилась так, что дочь Зыкова скончалась так же, как и отец - 5 февраля, но через 23 года после его смерти. Поэтому этот день вдвойне считается скорбным у потомков отца Иоанна. 5 февраля они встретились в Петербурге, чтобы почтить память своих замечательных предков.