Юрий Николаевич родился в Перми. В 1995 году окончил Пермский государственный технический университет по специальности «Авиационные двигатели и энергетические установки». Кандидат технических наук, свободно владеет английским языком. Трудовую деятельность начал в 1995 году в ОАО «Авиадвигатель» инженером-конструктором.
С июля 2001 года Юрий Шмотин работает в «НПО «Сатурн» – начальником конструкторского отдела систем инженерного анализа, заместителем генерального конструктора по инженерному анализу и информационным технологиям, заместителем генерального конструктора – начальником ОКБ-1, заместителем генерального конструктора по расчётам и анализу, заместителем генерального конструктора – начальником расчётно-исследовательского управления. В сентябре прошлого года Юрий Шмотин был назначен первым заместителем технического директора – генерального конструктора – главным конструктором «НПО «Сатурн».
На посту генерального конструктора Юрий Шмотин сменил доктора технических наук, профессора Михаила Леонидовича Кузменко, который более десяти лет возглавлял службу технического директора – генерального конструктора. Именно под руководством Кузменко были осуществлены все важнейшие разработки предприятия последних лет.