Ему предъявлены обвинения в злоупотреблении должностными полномочиями, применении насилия в отношении представителя власти и воспрепятствовании законной предпринимательской деятельности – статья 285 ч. 2, 169 ч. 2 и 318 ч. 1. Уголовное дело направлено в суд отделом по расследованию особо важных дел о преступлениях против государственной власти в сфере экономики. Это отдел следственного управления Следственного комитета при прокуратуре Ярославской области. Как сообщила его руководитель Любовь Баширова, именно этот отдел занимался делом, поскольку Ян Андреев имеет статус спецсубъекта.
В ходе заседания Ян Андреев признал вину по одному эпизоду – по статье 169 ч. 2. Его обвиняли в воспрепятствовании предпринимательской деятельности бизнесменов – братьев Лазгян. Ввиду истечения срока давности дело в этой части прекратили, хотя истечение срока давности не считается реабилитирующим обстоятельством.